V mládí se Petr Vok z Rožmberka hodně lišil od obrazu milosrdné vrchnosti, který vytvořili pamětníci starého třeboňského vladaře v pobělohorské době. Spíš opak se tehdy blížil pravdě. Mezi poddanými a jejich pánem vznikla krátce po Vokově osamostatnění prudká nevraživost, jejíž zdroje do určité míry vyvěraly z ukvapených rozhodnutí psychicky nevyrovnané osobnosti posledního Rožmberka a z bezohledného postupu jeho rádců. Nanejvýš podružná příčina vystupňovaného napětí mezi bechyňským "zámkem" a "podzámčím" tkvěla ve zvýšeném ekonomickém tlaku vrchnosti na poddané. V šedesátých a sedmdesátých letech nebylo ještě na panstvích Petra Voka dostatečně rozvinuto dvorové hospodaření, které by podněcovalo ke zvyšování robot, a bezplatnou práci poddaných vyžadovaly ve větším rozsahu jen přestavby Bechyně a dalších Vokových sídel. Spíše se blíží pravdě předpoklad, že docházelo k násilnému vymáhání peněžních dávek a pokut. Nasvědčuje tomu opatrná Březanova zmínka o krutosti nejvyššího hospodářského úředníka Jana Lažického, "tyrana a odrače ubohých pddaných".
Hejtman Lažický a ostatní úředníci byli přímými vykonavateli vrchnostenské zvůle, a to v některých případech nejen na panstvích Petra Voka, ale i na vlastních rytířských statcích. Poněvadž svou hrabivost vůči rožmberským poddaným stupňovali na vlastní pěst, nebylo divu, když se nenávist obracela především proti nim. Už na sklonku šedesátých let nabyla zcela zřetelných obrysů. Proslýchalo se, že nespokojenci chtějí zabít želečského hejtmana Kryštofa Srbického ze Zálezl a rožmberského dvořana Jindřicha Lapáčka ze Rzavého. V téže době se však největší zášť soustředila proti Petru Vokovi, který osobně přicházel do styku s poddanými velmi málo a sám ani nevymáhal poplatky, ani nenutil k robotám. Bezprostřední příčinou se zřejmě stala horlivá účast Petra Voka na pronásledování rybníkářů a na jejich popravách.
Vztah posledního Rožmberka k poddaným po celý život kolísal mezi nedůvěřivým zaujetím, příznačným pro jeho mladší léta, a milostivým patriarchalismem, který převážil na sklonku života. Je nanejvýš pravděpodobné, že z jeho podvědomí nevymizely dětské zážitky z doby učitelování Jana Makovského a strach z potupy, kterou mu přinese trest z rukou rožmberského poddaného. Zatímco pro vladaře Viléma znamenala nadřazenost nad sedláky a měšťany neotřesitelnou jistotu, Petr Vok musel po léta poslouchat svého poddaného a teprve v dospělosti se poměr s konečnou platností obrátil. Nyní se sám stal neomezeným vykonavatelem spravedlnosti a této pravomoci také vrchovatě využil.
Dostal se tak do vážného střetu s rybníkáři, svéráznou skupinou poddaného lidu na pomezí usedlého vesnického obyvatelstva a beznadějných vyvrženců ze stavovské společnosti. Rybníkáři v pravém slova smyslu byli odborníci na vodní díla, bez nichž se za velké konjuktury rybničního stavitelství v 16. století neobešlo budování rybničních hrází a stok, ale ani studní. Ačkoli po právní stránce zůstávali poddanými, jejich vazba k vrchnosti se pohybem za prací z místa na místo značně uvolnila. Tak vznikaly předpoklady pro jejich poměrně samostatné uvažování a sebevědomé vystupování. K pestrému společenství rybníkářů patřili také nádeníci, kteří se snažili uplatnit při nejtěžších pozemních pracích v rybníkářských oblastech a jejichž počet byl v předbělohorských Čechách velmi vysoký. Jen část z nich našla doma řádný výdělek. Ti, na něž se nedostalo, byli po tisících odváděni do Uher a na západoevropská bojiště, kde působili jako zákopníci. Tam si osvojovali bojového ducha, schopnost organizačního ukáznění a také vědomí, že na válčiště smějí pochodovat pod vlastními praporci a s řádnou výzbrojí. Po skončení válečných kampaní se pak vraceli domů, a pokud nenacházeli dostatečnou obživu, spolu s dalšími nezaopatřenými tuláky se živili krádežemi a loupením. Někteří se stali profesionálními zločinci, jiní střídali poctivou práci s příležitostnou kriminalitou. Současníci proto mezi nimi příliš nerozlišovali. Z hlediska privilegovaných stavů pojmy rybníkář a zločinec téměř splývaly a v tomto duchu proti nim hrdelní soudy zasahovaly s největší tvrdostí.
Společný osud a vědomí početní síly vytvářely mezi rybníkáři pevná pouta soudržnosti a dokonce i zárodky jakéhosi stavovského povědomí, které je povznášelo nad úroveň beztvaré masy vyvrženců. Na mučidlech se obyčejně solidarita rozplynula a osamělým trestancům nezbývalo než myslet na konec vlastního utrpení. ... Ale dokud byli rybníkáři ve skupinách, dobře ozbrojeni a podporováni alespoň částí usedlého poddanského lidu, označovali se za "jonáky" a někdy dokázali jednat způsobem. který určitě nebyl vlastní surovým zločincům bez špetky sebeúcty.
Podnět ke střetu vyšel z okruhu úředníků na panstvích Petra Voka. Snad byla v pozadí nadměrná snaha želečského hejtmana Kryštofa Srbického získat si dočasně ztracenou přízeň nestálého pána, když se v červnu 1567 rozhodl k ostrému zákroku proti bezvýznamnému zloději několika skopců. Srbický nepřipustil smírné narovnání sporu a dal pachatele, zhořského pastýře, uvěznit. U soběslavského hrdelního soudu čekalo nešťastníka mučení. Krajně nespolehlivý vyšetřovací prostředek vedl často k přiznání i takových činů, jichž se vězeň vůbec nedopustil. V tomto případě pastýř doznal nejen minulé krádeže, ale i několik "zamýšlených" zločinů a prozradil své dva společníky. Všichni tři byli zanedlouho popraveni. Počátkem února 1569 se odehrála u Soběslavi podobná tragédie. Zvláště krutě, vpletením do kola, byl popraven rybníkář Vaněk Bezpalcí a spolu s ním zahynuli další dva členové téže družiny.
Poté se již rybníkáři rozhodli k odvetě. Na Petra Voka nezanevřeli asi jen proto, že rozsudky schválil. Vždyť podobně si počínaly i jiné vrchnosti, a přesto zůstávaly obezřetně skryty v pozadí. Ale poslední Rožmberk, jenž právě ve dnech popravy sídlil na Želči, si nejspíš nedal ujít okázalé divadlo a přijel k němu do blízké Soběslavi. Hrozivá podívaná, která měla zastrašit jak zločince, tak i nepoddajné sedláky, zjevně dosáhla opačného účinku. Jestliže na sebe Petr Vok při exekuci neopatrně upozornil, nebylo divu že se poté všechna nenávist obrátila proti němu.
Nyní se projevily dobrovolná soudržnost a organizační schopnosti rybníkářského bratrstva. Během několika dnů se rybníkáři a jejich spojenci ve vsích na Táborsku dohodli, že Rožmberka potrestají. Ještě o masopustu, tedy mezi 4. únorem, kdy se konala poprava, a Popeleční středou 23. února 1569, se část spiklenců sešla v hospodě Vaňka Slaniny v Makově a domluvila se o dalším postupu. Podle pozdějšího vyznání Jiříka Holého z Dobronic, jehož pravdivost potvrzují další prameny, prohlásil tam jakýsi Vašíček, syn kováře z Mitrovic, že se "bude mstíti nad Jeho Milostí pánem, pánem z Rožmberka, a nad panem hejtmanem želeckém, jakkoliv bude moci a kdekoliv bude moci". Hodlal na ně počkat se svými tovaryši a při vhodné příležitosti oba zabít. A hostinský Vaněk ho údajně podpořil slovy: "Msti se, jakž můžeš, jen aby dobře bylo! A přesto však si čistém jonákem."
Touha pomstít smrt popravených druhů nabývala širšího rozsahu. V pozadí chystaného útoku byl živelný protest proti svévolnému počínání vrchnosti a jeho úřednictva. Proto měla zamýšlená msta v kruzích rybníkářů a pastýřů značný ohlas a někteří z nich se k tomuto záměru hlásili i za cenu mučení ještě po letech. Už Václav Březan citlivě pochopil pohnutky spiklenců a přiznal jim, že byli přesvědčeni o svém "pořádném (tj. spravedlivém) předsevzetí". Spiklenci skutečně měli svou čest a pro ni se vzdali nejkratší a nejbezpečnější cesty za vytčeným cílem. Místo aby dopadli nepřipraveného šlechtice, rozhodli se postupovat podle zásad středověkého práva. Za vedení rybníkářského hejtmana Ondry Boráka se při stavbě rybníka Hrbova na Netolicku sešlo padesát "jonáků" a písma znalý Jan Žáček jejich jménem sepsal opovědní list Petru Vokovi. Rybníkářští tovaryši po vzoru šlechty vypověděli Rožmberkovi nepřátelství na smrt a bez ohledu na důsledky uvedli svá jména i původ. V mylném přesvědčení, že postupují právoplatným způsobem, rozšířili pak tyto listy na veřejných cestách. Zanedlouho stály v okolí Bechyně, Sedlčan a Soběslavi skupiny opovědníků. S nabitými ručnicemi, s palicemi a sekerami, se šavlemi a kordy čekali na projíždějícího Petra Voka. Přibrali si na pomoc další rybníkáře, z nichž jeden později u hrdelního soudu ve Vodňanech vypověděl: "A když sme do toho lesa šli, já nevěděl, kde přijdeme. A oni mi teprva pověděli..., že půjdem na jednoho stavu panského, na pana Petra z Rožmberka, a já nepůjdu-li s nimi, že mne na kusy rozsekají. I musil sem s nimi jíti. A oni nás napomínali, abychom s palicema pospolu byli, a když oni kterýho služebníka zastřelí, abychom my ho teprva palicemi byli. Jan z lesa Starý že jest toho všeho puovod byl a že jest říkal: Nebudeť nám více dávati dobrejch tovaryšuov utráceti. ... Jsa potom dotazován, proč jest toho na trápení neoznamoval, i oznámil, že jest byl vysoce zavázán od těch svejch tovaryšuov, aby o tom nic nepravil, ani také na žádnýho; a jestli kde co málo poví, že ho na drobný kusy rozsekají."
Otevřený střet mezi ohroženými šlechtici a jejich neurozenými nepřáteli nabyl vysloveně existenční povahy, což jen zvyšovalo bojové zaujetí obou stran. Síly ovšem nebyly ani zdaleka vyrovnané. Petr Vok těžil z výhody, že ho samotní spiklenci včas varovali, a všem nástrahám sťastně unikl. Za pomoci svých úředníků, ústřední rožmberské kanceláře na Českém Krumlově a správců Vilémových panství rozvinul pronásledování opovědníků, které se protáhlo na celých osm let. Našel při tom podporu u Lobkoviců, Šternberků, Švamberků a jiných jihočeských vrchností. Pomoc mu neodepřely ani rady královských měst. Využil rovněž postavení krajského hejtmana k získáná podrobných zpráv z Bechyňska a z jiných krajů, dokonce i ze severních Čech. Všude se konaly zátahy na podezřelé osoby, útrpné výslechy provinilců a na základě udání se rozpřádaly sítě vyšetřujících úřadů do stále větších rozměrů. Ze všech stran docházely Petru Vokovi podrobné zápisy vyznání a do vězení na jeho panstvích byli sváženi dopadení opovědníci.
Rozsáhlý policejní zásah, jaký neměl ve druhé polovině 16. století obdoby, dokonale prověřil soudržnost privilegovaných vrstev české stavovské společnosti. Bez ohledu na osobní rozepře všichni šlechtici a s nimi také mnozí představitelé městských rad cítili nebezpečí, které hrozí každému z nich. Strach nabyl ještě výraznějších obrysů, když se v průběhu pronásledování spiklenců rozšířila ze sousedního kraje zpráva o zúčtování sedláků s rytářem Ludvíkem Loreckým ze Lkouše. Jedné srpnové noci roku 1571 zavraždili poddaní v Šamonicích na Prácheňsku nejen svého pána, ale také oba jeho syny. Nikdo ze šlechticů nechtěl slyšet stížnosti poddaných na krutého rytíře. Veškerá pozornost se upřela na exemplární tresty. Po strašlivém mučení umírali pachatelé na šibenici a v plamenech hranice, neúprosní soudci se nevyhnuli ani nejkrutějším ortelům - čtvrcení a lámání kolem.
Na rozdíl od nich nesáhl Petr Vok k nejhroznějším trestům, jaké nabízela právnická vynalézavost jeho doby. Plně však využil vrchnostenského potlačovacího aparátu a osobně vynaložil na stíhání opovědníků velké úsilí. Jeho přičiněním skončili na popravištích od Tábora po Třeboň pod mečem kata všichni, kdo byli dopadeni a mučením usvědčeni. Nejvíc pásl po hlavě Ondry Boráka, který vyhrožoval, "že pana Petra z Rožmberka, kde bude moci, že jeho zabí". Rybníkářského hejtmana nedopadl, ale přesto bylo sťato takové množství lidí, že podle Březanova svědectví "hlavami jejich pan Petr Vok jednu truhlici naplnil". Byla to krutá pomsta za přestálý strach, čin, který zrovna nesvědčil o křesťanské lásce k bližnímu.
Poslední Rožmberk přijal nepřátelství opovědníků jako výzvu k zápasu o přežití a k jejich nelístostnému potření použil všech prostředků, jež mu posklytla příslušnost k nejvyšší vrstvě české šlechty. Pronásledováním v letech 1569 - 1577 se mu podařilo rozprášit spiklenecký tábor, který přece jen sledoval příliš úzký program, než aby mohl strhnout poddané k většímu pozdvižení. V surovém boji o sebezáchovu Petr Vok zvítězil, ale napsal při tom jednu z nejtemnějších stránek svého lidského příběhu. Milosrdný čas a legendární podání zakryly tyto události mlčením, nicméně k životu posledního Rožmberka neodlučně patří.
Samotný Petr Vok už na střet s rybníkáři nemohl nikdy zapomenout. Jako třicátník se ocitl na prahu násilné smrti a sám také rozséval zkázu do řad svých nepřátel. Když se konečně zbavil strachu z opovědníků a zklidnil se, začal chápat, že i bez nich se blíží jeho konec. Pomaleji, zato však neodvratně. Toto vědomí poznamenalo druhou polovinu Vokova života, kdy přijal za vlastní heslo Memento mori! - Pamatuj na smrt! a kdy měl stále nablízku lidskou lebku jako symbol končící pozemské pouti.
Nebylo to jediné heslo, k němuž se Petr Vok přihlásil. Jak mu přibývalo let, osvojil si také zásadu "Cogita aeternitatem! - Rozjímej o věčnosti!" a "In silentio et spe - V mlčení a naději". Kdy přesně tuto volbu učinil, žel nevíme. Jisto však je, že v sedmdesátých letech 16. věku se ještě těmito duchovními zásadami příliš neřídil. Hleděl si mnoha světských zájmů a doba, kdy se měl stát skutečným renesančním velmožem, ho teprve čekala.